İlahiyat Fakültelerinde bölümler, öğrencilerin kayıt yaptırdığı ve mezuniyet belgesi aldığı birimler olmayıp, birbirine yakın bilimsel alanlara ve araştırma yöntemlerine sahip anabilim dallarından oluşan eğitim-öğretim, bilimsel araştırma ve uygulama birimleridir. Buna göre, ilahiyat alanında ön lisans ve lisans eğitimi veren Fakültemizde, ülkemizdeki diğer İlahiyat Fakültelerinde olduğu gibi, üç bölüm bulunmaktadır: Felsefe ve Din Bilimleri Bölümü, Temel İslam Bilimleri Bölümü, İslam Tarihi ve Sanatları Bölümü.
İslam Dininin doğru bir şekilde anlaşılmasına yönelik olarak temel kaynaklar olan Kuran ve Hadis başta olmak üzere, İslamın inanç, ibadet, ahlak, tasavvuf alanlarında bilimsel araştırmalar yapan ve ilgili alanlarda ön lisans ve lisans derslerinin eğitim ve öğretimine katkıda bulunan bir bölümümüzdür. Bunun yanı sıra bu Bölümümüz, Sosyal Bilimler Enstitüsünün bir Anabilim Dalı olarak, İslam Bilimleri alanında tezli yüksek lisans programı yürütür. İslam düşüncesinin çeşitli alanlarında sağlıklı dini bilgi eğitim ve öğretimini temel ilke edinen bölümümüzde, Tefsir, Hadis, Kelam, İslam Hukuku, İslam Mezhepleri Tarihi, Tasavvuf ile Arap Dili ve Belağatı anabilim dalları bulunmaktadır.