Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi Lapseki Meslek Yüksekokulu YÖK Yürütme Kurulunun 29/09/2000 tarihli kararıyla kurularak Teknik Programlar ve İktisadi ve İdari Programlar olmak üzere iki bölüm ile 2001-2002 Akademik yılında eğitim-öğretime başlamıştır ve 2002-2003 Haziran döneminde ilk mezunlarını vermiştir.
İlk yıl Teknik Programlar Bölümüne ait Fidan ve Fidecilik ile Hasat Sonrası Teknolojisi Programlarına öğrenci alınmıştır. Hasat Sonrası Teknolojisi Programının adı, ders müfredatı aynı bırakılarak YÖK Yürütme Kurulunun 18.03.2002 tarihli kararıyla Tarım Ürünlerinin Muhafazası ve Depolanması olarak değiştirilmiştir. 2006-2007 eğitim-öğretim yılından itibaren bu programın puan türünün EA (Eşit Ağırlık) olarak değiştirilmesine karar verilmiştir.

• Çomü Fidan ve Fidecilik Programı
• Çomü Tarim Urunlerinin Muhafazasi Ve Depolanmasi Programı
• Çomü Muhasebe Programı